Кафедра морфологии, физиологи и фармакологии создана в 2017 году путем объединения двух кафедр: морфологии и патологии животных и физиологии и фармакологии. Организация кафедры анатомии сельскохозяйственных животных была начата в 1929 году профессором Н.И. Акаевским в Пермском государственном университете на ветеринарном факультете. В 1930 году факультет был реорганизован в институт и переведен в город Троицк. На протяжении 45 лет кафедрой руководил профессор, доктор биологических наук Н.И. Акаевский. Затем кафедру возглавляли его ученики: доценты В.П. Маталасов (1974-1976), А.В. Крыгин (1976-1980), А.Н. Малявкин (1980-1986). С 1986 года по настоящее время кафедрой заведовал академик Российской академии естествознания, Заслуженный деятель науки и образования РАЕ, Почетный работник Высшего профессионального образования РФ, доктор ветеринарных наук, профессор В.К. Стрижиков. Кафедра гистологии существовала с первых дней работы вуза, основателем был профессор И.Ф. Иванов. Педагогический процесс на протяжении 14 лет существования кафедры осуществляли Заслуженные деятели науки РСФСР профессора И.Ф. Иванов, А.Н. Миславский; лауреат Сталинской премии, профессор В.Я. Александров, профессор А.А. Браун, доцент Г.С. Тер-Айрапетьян. В 1944 году кафедра гистологии была объединена с кафедрой анатомии. Заведующим курсом гистологии были доценты И.С. Ржаницына (до 1962 г), З.Ш. Бахтиярова (1963-1980), старший преподаватель В.П. Садовская (1980-1987).

С 1987 года по настоящее время курсом гистологии заведует доктор биологических наук, профессор С.В. Стрижикова. В 2014 г. кафедра анатомии и гистологии была объединена с кафедрой патанатомии и патофизиологии и получила название "Кафедра морфологии и патологии животных". Анатомический музей кафедры, основанный благодаря самоотверженному труду профессора Н.И. Акаевского, его помощников-преподавателей, а также студентов-энтузиастов, входит в реестр государственных музеев РФ. Анатомический музей постоянно пополняется новыми экспонатами и имеет все необходимое для успешного проведения учебной, научно-исследовательской, просветительной и воспитательной работы. Более чем 2500 натуральных экспонатов музея объединены в 6 основных отделов. Материалами фундаментального музея кафедры пользуются сотрудники академии и других вузов, студенты при индивидуальной самостоятельной работе. На базе музея кафедры проводятся ежегодно до 60 лекций-экскурсий школьникам, учащимся учебных заведений городов и районов области, слушателям курсов повышения квалификации, специалистам животноводства и учителям биологии.

Кафедра физиологии и фармакологии была основана в 2009 году путем объединения кафедр «Физиологии животных и человека» и «Фармакологии и токсикологии». Кафедра нормальной физиологии с.-х. животных была организована в 1930 году. У истоков создания кафедры находился выпускник Ленинградского ветеринарного института, кандидат биологических наук Ф.С. Медяков, который руководил ей до 1971 года. На кафедре преподавалась одна дисциплина – физиология с.-х. животных. В тот период основное направление научных исследований кафедры было связано с идеями и учением академика И.П. Павлова в области пищеварения.

С 1980 года по июнь 2017 года кафедрой руководил Заслуженный работник Высшей школы РФ, доктор биологических наук, профессор А.И. Кузнецов. Выпускник Казанского ветеринарного института, ученик профессора В.Ф. Лысова, он продолжил научные традиции кафедры. Кафедра фармакологии основана в 1932 году.

Грандиозный вклад в становление и развитие кафедры фармакологии внёс заслуженный деятель науки РФ, доктор ветеринарных наук, профессор, академик Российской Академии Естествознания и Международной Академии Аграрного образования Рабинович Моисей Исаакович. Он проработал на кафедре более 65 лет. Сотрудниками кафедры «Физиологии и фармакологии» созданы учебные пособия, которые рекомендованы Министерством сельского хозяйства РФ для использования в учебном процессе.

В настоящее время возглавляет кафедру заведующий кафедрой, доктор биологических наук, профессор Мифтахутдинов Алевтин Викторович. В настоящее время в штате кафедры 4 доктора наук, профессора, 5 доцентов, 2 преподавателя техникума, 4 лаборанта. На кафедре функционируют 3 больших музея: анатомии, патологической анатомии и таксидермии.

Остепененность преподавателей кафедры по высшей школе 100 %. Индекс Хирша кафедры в РИНЦ 27. Все профессора кафедры являются членами диссертационного совета на соискание ученой степени кандидата наук, на соискание ученой степени доктора наук 35.2.040.01, заведующий кафедрой А.В. Мифтахутдинов председатель диссертационного совета.   

На кафедре выполняют исследования 6 аспирантов и 2 докторанта по ветеринарным наукам.

Инновационная деятельность кафедры включает разработку новых ветеринарных препаратов и кормовых добавок для промышленного животноводства. В 2022 году получены 3 золотые медали Международных и Российских аграрных выставок в т.ч. золотая медаль XXIV Всероссийской агропромышленной выставки «Золотая осень» 2022.  

В 2022 году проводились исследования МСХ РФ по теме «Изучение адаптивного иммунного ответа к вирусу гриппа птиц на фоне развития вакцинальных стрессов и разработка методов повышения эффективности иммунизации в условиях промышленного птицеводства», отчет принят успешно.

В 2023 году проводятся исследования  по плану-заданию МСХ РФ по теме «Создание комплексной программы по профилактике технологических стрессов в промышленном птицеводстве с целью снижения потерь продуктивности и повышения адаптивного потенциала кур и цыплят путем применения фармацевтического сырья, производимого в Российской Федерации».

Сотрудники кафедры оказывают консультационную помощь сельскохозяйственному производству – птицефабрикам Челябинской и Белгородской области. Проводимая научно-исследовательская работа и полученные результаты внедряются непосредственно на тех предприятиях, где проводятся основные экспериментальные исследования. Совместно с ГК ВИК для крупнейших агрохолдингов страны – Черкизово, ПРОДО, ГАП Ресурс и др. в 2022-2023 году организованы и проведены 3 круглых стола на тему: «Тепловой стресс: практические решения в период жары». Совместно с ГК ВИК для ООО «БЕЛГРАНКОРМ», г. Белгород был проведен семинар, участвовал с докладом А.В. Мифтахутдинов.

Для практикующих специалистов сотрудниками кафедры проводятся курсы повышения квалификации по направлению правовые аспекты фармацевтической деятельности в сфере обращения лекарственных веществ для животных.